Actualmente, Villa O’Higgins forma parte del Servicio Local de Educación Pública (SLEP) Aysén, una entidad creada en el marco de la reforma educacional chilena que busca centralizar y profesionalizar la gestión de los establecimientos educacionales municipales. El SLEP Aysén tiene bajo su administración escuelas y liceos de varias comunas de la región, incluyendo Villa O’Higgins, y se encarga de tareas clave como la supervisión de infraestructura, el desarrollo profesional docente, el apoyo pedagógico, y la implementación de políticas educativas nacionales diseñadas por el Ministerio de Educación.

Esta transición ha significado un cambio significativo en la relación entre la municipalidad de Villa O’Higgins y la educación local. Históricamente, las municipalidades gestionaban directamente los establecimientos educacionales a través de los Departamentos de Educación Municipal (DEM o DAEM), que eran responsables de la administración de recursos, infraestructura y procesos pedagógicos. Sin embargo, con la creación de los SLEP, las municipalidades han reducido su participación en la administración directa, limitándose a roles complementarios, como la coordinación territorial, la representación comunal en temas educativos y el apoyo a iniciativas locales que puedan fortalecer el proceso educativo.