La fauna cercana a Villa O’Higgins incluye mamíferos como el huemul, puma y zorro culpeo, aves como el cóndor andino, carpintero negro y cisne de cuello negro, así como peces como la trucha y el puyén en ríos y lagos. También habitan insectos adaptados al clima frío. Muchas de estas especies son protegidas debido a su vulnerabilidad y su importancia ecológica en la Patagonia.