Villa O’Higgins fue fundada el 20 de septiembre de 1966 como parte del Plan de Desarrollo Social Rural impulsado por el gobierno del Presidente Eduardo Frei Montalva. Este proyecto buscaba consolidar la soberanía chilena en áreas fronterizas y fomentar el desarrollo en regiones aisladas de la Patagonia. Su ubicación fue definida tras diversos análisis técnicos, eligiéndose las planicies entre la desembocadura del río Mayer y el arroyo Mosco, terrenos donados por el poblador Pedro Rivera para la construcción de obras públicas.

El proceso de fundación estuvo marcado por un contexto de tensiones fronterizas, especialmente tras el fallecimiento del Teniente Hernán Merino Correa en un enfrentamiento con gendarmería argentina en 1965. Este incidente subrayó la necesidad de reforzar la presencia chilena en la zona, acelerando los proyectos de infraestructura como la construcción de una escuela, una posta de salud y un reten de Carabineros.

Inicialmente llamada «Villa Río Mayer,» su nombre fue cambiado a Villa O’Higgins en honor al prócer Bernardo O’Higgins, quien destacó por su visión de integrar y proteger las tierras australes. La villa cumplió plenamente con los objetivos de su fundación al establecer la presencia del Estado y fomentar el desarrollo de la región.

En 1980, se creó la comuna de O’Higgins como parte del fortalecimiento administrativo del sector. A pesar del fallo arbitral de 1994 que adjudicó a Argentina la zona de la Laguna del Desierto, Villa O’Higgins se mantiene como un símbolo de soberanía, desarrollo y convivencia en la Patagonia chilena.